Efter at have bosat sig i Green Hills, er Sonic ivrig efter at bevise, at han har, hvad der skal til for at blive en rigtig helt. Hans chance kommer, da dr. Robotnik vender tilbage, denne gang med en ny partner, Knuckles, på jagt efter en smaragd, som har styrken til at udslette civilisationer. Sonic slår sig sammen med sin egen sidekick, Tails, og sammen tager de ud på en verdensomspændende rejse for at finde smaragden, inden den havner i de forkerte hænder.