Alle vore gamle venner er tilbage igen, løven Alex, zebraen Marty, giraffen Melman og pingvinerne. I denne efterfølger forsøger gruppen at forflytte sig tilbage fra Madagascar til New York - med hjælp af et nedstyrtet fly, som pingvinerne har forsøgt at reparere. Mod alle odds lykkes det dem at løfte flyet, og gruppen ser frem imod at komme hjem til trygheden i Central Park Zoo. Men skæbnen vil have det anderledes?