Hvalenes hemmeligheter sender seerne dypt inn i episenteret av hvalenes kulturer for å oppleve de utrolige kommunikasjonsevnene og de intrikate sosiale strukturene hos fem forskjellige hvalarter: spekkhoggere, knølhvaler, belugaer, narhvaler og spermhvaler. Filmet over tre år på 24 forskjellige steder. Gjennom denne episke reisen får vi vite at hvaler er langt mer sammensatte og like oss enn vi hadde kunnet forestille oss.