National Geographics oppdager og forsker Albert Lin reiser til Colombia for å utforske sannheten bak legenden om El Dorado. Mens han utforsker den tapte byen Ciudad Perdida, oppdager Lin at fakta er langt mer spennende enn fiksjon - og oppdager ikke bare en by, men en hel sivilisasjon. For første gang avslører Lin omfanget av denne sivilisasjonen og dens "byer i skyene."