Nicky Parsons hacker CIAs database og finner ukjent informasjon om Jason Bourne, som har gått under jorden etter å ha nedkjempet Operasjon Treadstone og Blackbriar. Da hun oppsøker ham for å videreformidle opplysingene, virvles de begg inn i plottet om det nye, private nettverket Deep Dream og CIAs Treadstone-liknende program, Iron Hand.