For å finne ut om virkeligheten hans er en fysisk eller mental konstruksjon blir Neo nødt til å følge den hvite kaninen en gang til. Han vet allerede hva han må gjøre. Men det han ikke vet ennå, er at The Matrix er sterkere og farligere enn noensinne.

Etter å ha blitt dimittert fra marinekorpset mot sin vilje, bestemmer James Harper seg, sammen med sin beste venn, for å bli med i en paramilitær organisasjon ledet av en annen krigsveteran for å forsørge familien på den eneste måten han kan.